L'ingrediente principale nel cioccolato è il cacao, un fagiolo che cresce nella foresta pluviale sudamericana. La maggior parte del cioccolato commerciale passa attraverso un processo di tostatura. Il cioccolato crudo non è stato tostato, quindi i consumatori di cioccolato crudo stanno mangiando cacao crudo con alcuni ingredienti aggiuntivi per tenerlo insieme. Sebbene il cioccolato crudo sia ricco di vitamina C, oltre a minerali come magnesio e ferro, è noto che ha effetti negativi sulla salute.
Il chicco di cacao, come il chicco di caffè, contiene caffeina. Nel cioccolato crudo, il contenuto di caffeina è superiore a quello del cioccolato lavorato e torrefatto. La caffeina aumenta i livelli di ansia in molti consumatori e accelera la frequenza cardiaca. Fornisce brevi scoppi di energia che sono spesso accompagnati da notevoli riduzioni dei livelli di energia. Le persone che consumano cioccolato crudo prima di coricarsi potrebbero avere difficoltà a dormire. Inoltre, la caffeina è una sostanza che crea dipendenza. I consumatori che si abituano al consumo di caffeina attraverso il cioccolato potrebbero aver bisogno di consumare quantità corrispondenti per evitare la sonnolenza del ritiro di caffeina.
Secondo l'autore olistico di auto-aiuto Cynthia Perkins, il cioccolato contiene comunemente tracce di insetto e materia fecale di roditori. La Food and Drug Administration negli Stati Uniti consente fino a 16 frammenti di insetti e un pelo di roditore per barretta di cioccolato. Permette anche 10 milligrammi di escrementi di roditori in ogni chilo di fave di cacao e 75 frammenti di insetti per ogni tre cucchiai di polvere di cioccolato. Il processo commerciale di torrefazione del cioccolato elimina la maggior parte delle malattie e dei parassiti che potrebbero diffondersi attraverso queste tracce di sostanza organica non salutare, ma i consumatori di cioccolato crudo sono più suscettibili agli effetti negativi.
La presenza di uno stimolante chiamato teobromina rende il cioccolato tossico per i cani, secondo la rivista online Dog Owner's Digest. La teobromina si trova naturalmente nel chicco di cacao e colpisce il sistema nervoso centrale di un cane. Un cane che mangia troppo cioccolato mostrerà sintomi come vomito, minzione eccessiva o iperattività. I sintomi più gravi possono includere un battito cardiaco irregolare, convulsioni e morte. Il contenuto di cacao è più concentrato nel cioccolato crudo che nel cioccolato al latte, quindi alcuni grammi di cioccolato crudo sarebbero più pericolosi per un cane rispetto alla quantità equivalente di cioccolato al latte.
Dosi estremamente elevate di cacao crudo possono produrre effetti allucinogeni simili all'LSD, secondo il nutrizionista e autore Frederic Patenaude. Anche se la persona media dovrebbe consumare circa 40 dei semi di cacao amaro per avvertire questo effetto, questa non è una quantità eccezionale. Secondo la California Academy of Arts and Sciences, che ha ospitato una mostra in onore del cioccolato nel 2005, bastano dai 30 ai 50 semi di cacao per produrre sette barrette di cioccolato al latte o due barrette di cioccolato fondente.