Le infezioni batteriche, virali, algali e da protozoi sono comuni dopo l'esposizione ad acqua contaminata. Nuotare in stagni, laghi e oceani vicini ad aree sviluppate può aumentare il rischio di esposizione alla contaminazione delle acque reflue se le aree hanno fognature o impianti di trattamento delle acque reflue inadeguati o sovraccarichi. Consultare immediatamente un medico in caso di febbre dopo il nuoto, soprattutto se si viaggia al di fuori degli Stati Uniti.
La leptospirosi è un'infezione causata da batteri a forma di cavatappi del genere Leptospira, che passa attraverso le feci e l'urina dei mammiferi colpiti ed è caratterizzato da febbre, brividi e intenso mal di testa. I ricercatori del Robert Koch Institute di Berlino hanno identificato un caso di leptospirosi in un atleta di triathlon dopo aver completato la parte di nuoto dell'evento nel fiume Neckar, fuori Heidelberg. Le squadre mediche hanno tentato di contattare tutti i partecipanti per determinare i rischi di un possibile focolaio. Dei 142 partecipanti che hanno risposto, sono stati confermati altri cinque casi. Gli autori hanno affermato che le forti piogge precedenti l'evento molto probabilmente hanno portato alla contaminazione dell'acqua e che le ferite aperte erano probabilmente il punto di ingresso dei batteri.
Gli enterovirus sono parassiti intestinali che possono contaminare l'acqua attraverso le feci umane e causare una serie di malattie, compresa la meningite, una condizione infiammatoria del cervello e del midollo spinale caratterizzata da febbre improvvisa, paralisi e uno stato mentale alterato. Un articolo nel numero di settembre 2008 di "Clinical Infectious Disease" ha descritto un focolaio di meningite virale in un gruppo scolastico di ritorno da un viaggio in Messico. Dei 29 viaggiatori, 21 si sono ammalati quattro giorni dopo una lunga nuotata nel Golfo del Messico. I risultati dei test hanno confermato la meningite virale e l'analisi statistica ha mostrato che il tempo trascorso a nuotare era correlato positivamente all'insorgenza dell'infezione. I ricercatori hanno concluso che il gruppo probabilmente stava nuotando in acque di mare inquinate dalle acque reflue.
Le Lyngbya majuscule sono un tipo di alghe che fioriscono nell'acqua di mare tropicale e rilasciano tossine che causano malattie caratterizzate da eruzioni cutanee, disturbi gastrointestinali, mal di testa e febbre. Un articolo dell'aprile 2003 su "Environmental International" ha valutato la salute dei nuotatori a Moreton Bay, in Australia, durante una fioritura algale. I ricercatori hanno inviato questionari a 5000 residenti sulle attività acquatiche ricreative e sull'insorgenza di malattie. Dei 1350 intervistati, il 78 percento ha riferito di essere in acqua al momento della fioritura e il 34 percento di quelli ha riportato uno o più sintomi, con l'irritazione cutanea più frequente. Sebbene un numero relativamente elevato di intervistati abbia riportato sintomi di tossicità algale, solo 29 sembravano essere gravi.
Uno studio nel numero di aprile 2005 del "Journal of the Medical Association of Thailand " ha riportato un caso di un uomo che lamentava febbricola, mal di testa e muco sanguinolento nelle secrezioni nasali della durata di una settimana. I medici hanno scoperto che aveva nuotato in uno stagno naturale due o tre giorni prima dell'inizio dei sintomi. L'esame microscopico della secrezione nasale ha rivelato la presenza di due tipi di amebe flagellate: le specie Naegleria e Acanthamoeba. Gli autori hanno concluso che questa era la prima segnalazione di una doppia infezione di ameba a vita libera in un paziente vivo.